1、仓储企业的定位问题。一方面是市场定位的同质化，二是发展目标的同质化。在市场定方面，许多仓储企业服务的领域、存储的货物明显趋同，综合的通用的（主要是生活日用品）多，专业的专用的（ 冷库 、危险品以及服装 、医药、生鲜食品等 ）少；为生产企业提供产成品仓储服务的多，为生产企业提供零部件仓储、为零售企业提供仓储配送的少；为传统流通体系（生产与批发）服务的多，为电子商务服务的少。
2、仓储增值服务问题。许多仓储企业仍然只能提供仓库出租、或进出库管理及装卸等基本服务，只能为货主保管商品、不能控制商品库存；收费方式单一，多数仍是按面积计算仓租，按货位、按进出仓库的包装件、按货物价值等计费的很少；仓库内的流通加工形不成规模，服务不到位；商品配送的方式单一、规模较小、不能产生经济效益，为生产企业单一品种送货的多，为零售企业与末端客户提供多厂、多店的整体配送的少。
3、设备与技术应用问题。信息系统、货架与叉车是现代仓储作业的最基本设施。近年来，随着立体仓库的增加，货架与叉车的使用率正逐年提高，但平地堆码、人工搬运仍然较普遍，许多企业仍然没有信息系统，即使有系统也只是代替了纸质台账的作用，没有库存管理与控制的功能。