承接上文，许多大型企业都采用自动化立体仓库的方案来做仓储管理，但是自动化立体仓库并不是完美无缺的，自动化立体仓库的同样存在缺点。
1、自动化立体仓库的结构比较复杂，配套设备比较多，所以需要的基建和设备的投资也比较大。
2、货架安装精度要求高，施工工期相应较长。
3、存储弹性小，高峰期需求量暴增，难以应付。
4、对可存储的货物品种有一定限制，需要单独设立存储系统用于存放长、大、笨重的货物以及要求特殊保管条件的货物。
5、对建库前的工艺设计要求高，建设时工艺要严格把关。
6、过度依赖自动化也会有很大的风险，比如当意外停电或系统紊乱时反应会变慢。